Star Trek Into Darkness có nội dung xoay quanh Thuyền trưởng James T. Kirk và phi hành đoàn của tàu Enterprise, những người được giao nhiệm vụ truy lùng và bắt giữ một kẻ có vũ khí hủy diệt hàng loạt. Nhưng sau khi hoàn thành nhiệm vụ này, những gì diễn ra sau đó lại vượt quá sự tưởng tượng của họ.
Bộ phim đưa chúng ta trở lại với câu chuyện về Prospera, nữ công tước xứ Milan, một pháp sư tài năng bị chiếm đoạt tước vị và bị thả trên một chiếc bè trôi ra biến cùng với cô con gái Miranda. Họ không chết và trôi dạt tới một hòn đảo nơi mà chỉ có những "con thú" Caliban sinh sống. Prospera chiếm hòn đảo và bắt Caliban thành nô lệ phục dịch cho mình. Câu chuyện bắt đầu khi 12 năm sau đó, chiếc thuyền chở những kẻ thù của bà đi ngang qua hòn đảo, và bà đã gây ra một cơn bão cuốn con thuyền lên
Không lâu sau khi được thăng chức, một viên cảnh sát bỗng nhận ngay "trái đắng". Hệ thống máy tính trung tâm kết luận anh ta là hung thủ trong một vụ giết người. Bị vu oan trong vụ việc mình không hề liên quan, người cảnh sát sẽ xử lý ra sao để lấy lại danh dự và tự do?
Bella Swan giờ đã đoàn tụ với người cô yêu, Edward Cullen – một ma cà rồng. Cuộc sống cô quay trở lại thời điểm trước khi gia tộc Cullen bỏ đi, ngoại trừ một điều vô cùng hệ trọng.
Bối cảnh phim ở một ngôi làng trong núi, một nơi xa xôi hẻo lánh của Hàn Quốc. Tuy cuộc sống nơi đây không giàu có xa hoa nhưng vẫn luôn yên bình, dường như không hề có gì nguy hiểm. Mãi cho đến một buổi tối, trong làng xảy ra một vụ án giết người, phá vỡ khung cảnh bình yên từ trước đến nay