Chakuro là nhà lưu trữ cá voi bùn qua 14 năm, một hòn đảo cực kỳ phi lý trôi nổi trên mặt biển cát vô tận. Chín trong số mười cư dân cá voi bùn đã được ban phước và bị nguyền rủa với khả năng sử dụng saimia, quyền hạn đặc biệt làm họ phải chết sớm.
Một năm sau Đợt Nổi Loạn Đen (Black Rebellion), Zero, kẻ thù số một của Thánh Chế Britannia nay đã chìm vào quá khứ trong sự hả hê của Britannia cũng như sự tiếc nuối của người dân Nhật Bản. Trong R2, nội dung được mở rộng ra cả thế giới khi nói đến Liên Bang Trung Hoa và Liên Hiệp Châu Âu
Câu chuyện xảy ra vào thời đại mà nhờ các thành tựu từ các thành phố trong khôn gian, 70% nhân loại đều đã sống bên ngoài không gian. Không gian giờ được kiểm soát bởi 2 thế lực lớn "Liên hiệp quan sự khối Dorushia" và "Vành đai hợp chủng quốc Hoa Kỳ đại tây dương" (ARUS). Có một nước trung lập tên Jiouru có nền công nghiệp rất phát triển.
Vào năm 2199, trái đất bị kiềm hãm dưới vòng vây ảnh hưởng của phóng xạ bởi đế chế Gamilas trong 5 năm liền. Cư dân địa cầu phải sống dưới lòng đất để thoát khỏi những trận oanh tạc, nhưng dần dần sự nhiễm xạ xuyên qua mặt đất xâm nhập vào cơ thể người.Phi hành đoàn của Chiến hạm không gian Yamato được lập ra nhằm thực hiện cuộc hành trình tới hành tinh Iscandar để tìm kiếm một vật có thể giúp phục hồi trái đất đang bị tàn phá trước khi quá muộn...Các nhân vật chính trong bản chuyển thể có
Cốt truyện sẽ xoay quanh thời đại tương lai, các nhà khoa học đã chế tạo ra “con người hoàn hảo” để bảo vệ hòa bình nhân loại. Nhưng những “con người hoàn hảo” ấy đã bị bắt cóc bởi một tổ chức tội phạm nhằm thực hiện một mưu đồ