Được Thiết lập một thế giới song song với Fate / stay night nơi Chén Thánh huyền bí biến mất khỏi Fuyuki sau Chiến tranh Chén Thánh Third Holy Grail. Sau nhiều năm yên bình, khoảng thời gian Chiến tranh Chén Thánh thứ năm đã xảy ra, Yggdmillennia, một gia đình ma thuật, tuyên bố công khai việc ly khai khỏi hiệp hội Mage và họ đang nắm giữ Chén Thánh
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm).
Anime này được dựa trên một bộ phim truyền hình, tên " NIGHT HEAD ", phát sóng vào năm 1992. Người ta nói rằng 70% khả năng bộ não con người đã không sử dụng. Nếu con người có sức mạnh khủng khiếp, nó được cho là ngủ yên trong khu vực này. 70% khả năng của bộ não không được sử dụng, được gọi là "Head Night".
Nhân vật chính là Koyomi Araragi, nam sinh năm ba cấp ba, suýt trở thành một vampire. Một lần Hitagi Senjougahara, một cô bạn trong lớp, không hề nói chuyện với ai, ngã từ trên cầu thang xuống vào tay cậu, cậu phát hiện ra bí mật của cô bạn gái đó... Mỗi phần có một nhân vật nữ chính khác nhau ở bên cạnh cậu, xoay quanh các vấn đề của các nhân vật nữ chính đó.
Thế giới tồn tại hai thế giới song song. Một là thế giới con người, Assiah. Một là thế giới ác quỷ, Gehenna. Hai thế giới cơ bản không thể thông với nhau. Tuy nhiên, loài quỷ có thể tới Assiah bằng cách chiếm hữu thể xác con người