Câu chuyện được bắt đầu ở một làng quê yên tĩnh, nơi đây có nhiều động vật và người chết bất thường trong một sự cố lạ đời. Để giải quyết vụ án, một người đàn ông có vẻ ngoài kì quặc tên là “Inugami” đã tới từ Tokyo để điều tra.
Sakura Mami từng là một học sinh lớp 7 bình thường, nhưng Mami đã nhận ra siêu năng lực tiềm ẩn trong con người mình với sự giúp đỡ của cậu bạn tốt bụng Takata. Nhờ Takata, những tiềm năng trong Mami dần được nảy nở. Cô quyết định gánh trách nhiệm nặng nề của một siêu nhân và cứu giúp nhiều người. Tuy đôi lúc, bí mật của Mami tưởng chừng bị khám phá nhưng với sự thông minh của Takata, cô đã giữ được bí mật và tiếp tục sứ mệnh cứu giúp con người.
SS3 sau giải đấu Queens Blade,Claudette lên ngôi. 4 năm sau, có một chiến binh nổi dậy đứng lên chống lại sự chuyên chế của Nữ hoàngmới. Đó là Annelotte và câu chuyện kể xoay quanh cô
Sau 3 tháng kể từ khi Yokohama rơi vào tình trạng hỗn loạn, quán cà phê cũng đã trở lại bình thường. Nice thì bị Art bắn, và nhóm 2 người do Hajime và Murasaki lập nên, lại tiếp tục công việc trinh thám.
Hai mươi năm trước, một tiểu hành tinh trên đường tiến đến Trái đất đã phá hủy Sao Diêm Vương, khiến các tiểu hành tinh trong quỹ đạo Sao Diêm Vương (gọi là Thanatos) tạm thời trì trệ.