Bối cảnh câu chuyện là nước Anh thế kỷ 19 và trung tâm là Lydia với cái tên “fairy doctor”. Cuộc sống của cô xoay 180 độ khi cô gặp một Bá tước Hiệp sĩ xanh huyền thoại tên Edgar và người hầu của anh. Anh ta đã thuê cô làm cố vấn trong cuộc truy tìm để giành lại thanh gươm báu được lưu truyền trong dòng họ minh.
Một thuật ngữ cho những người có nhiệm vụ là để bảo vệ thế giới khỏi sự sắp xảy ra trong bóng tối. Renji Hiiragi là một ví dụ Night Wizard, người được gọi là liên tục trên các nhiệm vụ, mặc dù tất cả anh muốn là để có thể đi học và sau đại học.Tuy nhiên, lệnh gần nhất của ông là để bảo vệ Elis Shiho, là một học sinh mới chuyển vào học viện của mình.
Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.
Ginta, một học sinh yếu kém thích chơi điện tử sống trên Trái Đất với người mẹ của mình, một nhà văn nghiện rượu và thuốc lá nặng, đã thấy giấc mơ của cậu thành sự thật khi tự mình khám phá ra một thế giới khác, nơi cậu có thể trở thành một người hoàn toàn khác. Đó chính là MÄR Heaven
Tiếp nối Cardfight! Vanguard, Cardfight! Vanguard G sẽ kể về một huyền thoại mới, về một hành trình mới của Shindou Chrono, Kiba Shion, Anjou Tokoha.