Vào thời Chiến Quốc của Trung Quốc cổ (476-211 trước Công nguyên), chiến tranh đã gây nên vô số những điều thảm khốc khiến cho nhiều người mất đi gia đình, người thân, trong số đó có 2 cậu bé là Shin và Hyou của vương quốc Tần.
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Nằm phía bên dưới thủ đô Toyko, có tồn tại một thế giới vô cùng rộng lớn và chưa ai từng biết, được gọi là Thế Giới Ngầm. Ở đó mọi người đều sở hữu một sức mạnh điều khiển nguyên tố, là những người có khả năng kiểm soát được các nguyên tố : Lửa, nước, sét, từ tính, băng v.v.
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm.
The story is set in August of 2026 at the Fuji Training Facility. Natori Touko, a third-year middle school student in the Eastern Private Defense Academy, is entrenched in field training with instructor Kamiya. It has been a harsh training regiment, but it is finally the last day. Kamiya proposes a extracurricular class under the name Newest Weapons Research. But then, an incident occurs that rocks all of Japan.