Trong thời kỳ loạn lạc cuối thời Mạc phủ Tokugawa, xuất hiện một sát thủ khiến thiên hạ đều phải khiếp sợ với danh xưng “Hitokiri Battousai”. Thời đại chuyển biến sang một trang sử mới, sát thủ lừng lẫy một thời cũng dần dần biến mất khỏi nhân gian và hắn cũng được thiên hạ mệnh danh là “Kẻ mạnh nhất” trong lịch sử.
Một thanh niên bị sập sever hết đường về quẫn trí trở thành Ma vương. The story begins with Yggdrasil, a popular online game which is quietly shut down one day; however, the protagonist Momonga decides to not log out. Momonga is then transformed into the image of a skeleton as "the most powerful wizard.
Persona 4 lấy bối cảnh tại một vùng nông thôn tưởng tượng ở Nhật có tên Inaba. Cốt truyện xoay quanh nhân vật chính là Yu Narukami, một thiếu niên từ thành thị mới chuyển về Inaba - và nhóm bạn của cậu. Tại Inaba bỗng nhiên xảy ra các vụ giết người hàng loạt huyền bí
Một thành phố hư cấu có tên Kazamatsuri, chính sách bảo vệ cây xanh và trồng rừng đã biến nơi đây thành thiên đường xanh mát với nhiều thảm cỏ và hoa trên đường tương tự như những tòa nhà mọc chen chút nhau trong các thành phố lớn.
Câu chuyện xoay quanh Yukiya, "có lẽ 14 tuổi". Cậu ta đã dành hầu hết thời gian của mình để chơi DJ. Do ảnh hưởng từ cha nên cậu đã nghe nhạc từ khi còn nhỏ và thường đăng tải những video lên mạng trực tuyến. Cậu luôn muốn truyền đạt "một thứ gì đó" cho "ai đó".