Vào năm thứ ba dưới triều đại của Hoàng đế Shizong, thế giới hỗn loạn và người dân rất khó kiếm sống. Chính quyền hoàng gia trung ương sụp đổ, gây ra sự phân chia các khu vực và thành lập các nhóm quyền lực độc lập. Các giáo phái và nhóm ma quỷ hoạt động bí mật và các băng nhóm khác nhau chiến đấu với nhau.
thế giới của các loài động vật ăn thịt và ăn cỏ, là nơi có đầy hi vọng, tình yêu và nỗi lo lắng. Regoshi là một chàng sói và là thành viên thuộc câu lạc bộ kịch của Học Viện Cherryton.
Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát
Thời Đại Thần Thánh đã đến hồi kết thúc. Sự bất tử cũng sẽ không còn.Cõi Thiên Đàng rung chuyển khi đội quân của Falis, Thần Ánh Sáng...... Chạm trán với quân của Falaris, Thần Bóng Tối.Trong trận chiến không ngừng nghỉ sau đó,Trái Đất bật khóc...Biển cả sôi sục...Cuối cùng, chỉ có hai người sống sót của mỗi bên
Hoshimiya Eiji là một cậu bé trung học sống nội tâm,mong muốn thế giới bị hủy diệt. Mong muốn của cậu ta cũng trùng hợp với một loạt các thảm họa quy mô lớn mà đột nhiên quét qua toàn bộ hành tinh, dẫn đến cái chết thảm của hàng triệu người. Đồng thời, những người đặc biệt ở tất cả các nơi trên thế giới đều thực hiện mong muốn đó của cậu ta, và đã được cấp quyền hạn dựa trên Orders và Eiji là một trong số chúng. Eiji tự nhiên đi đến kết luận rằng cậu chịu trách nhiệm cho việc tiêu hủy.