Câu chuyện xoay quanh Sagara Sousuke - 1 chàng trung sĩ trẻ tuổi của tổ chức Mithril - được giao nhiệm vụ bảo vệ Kaname Chidori - 1 cô nữ sinh trung học - và mọi chuyện rắc rối xảy ra từ đây
Câu chuyện kể về chuyến hành trình hướng tới ước mơ của Satoshi và Pikachu. Những đồng đội đã từng du hành trước kia như Kasumi và Takeshi, cũng như các Pokémon mà Satoshi đã từng thu phục và hình thành mối liên kết sâu đậm khắp các vùng cũng sẽ xuất hiện.
câu chuyện về những chuyến phiêu lưu của một thế giới hoàn toàn mới lạ với những khung cảnh đẹp như mơ.Những người bạn đồng hành cùng nhau trên chuyến hành trình này là những điều đáng ngạc nhiên, họ là cậu bé với lòng thích thú về một thế giới mới, những chú khủng long đồng hành và nhiều bạn động vật khác.
Do quá mệt mỏi vì cái công việc bế tắc của mình, Sasaki quyết định nhận nuôi Peeps, một chú sẻ java đáng yêu. Tuy nhiên, Peeps thật ra là Piercarlo, một hiền giả mạnh mẽ đến từ thế giới khác!
Câu chuyện diễn ra trong một tương lai không xa. Đột nhiên có 5 "Điểm đen" xuất hiện trên thế giới với vai trò là những cánh cổng dẫn đến thế giới song song. Ngay sau đó, có những sinh vật kì lạ bắt đầu xâm chiếm Trái đất từ những "Điểm đen" đó. Những sinh vật kì lạ này là cư dân của 5 thế giới song song xem phim. Để đảm bảo cho sự sống còn của mình, mỗi cư dẫn ở 5 thế giới đều chiến đấu với nhau để quyết định số phận của họ. Chiếc chìa khóa để quyết định đó chính là thiết bị đấu bài.