Trong tương lai, các cuộc thi đấu với người chơi sử dụng các mô hình nhựa Gundam (GunPla) trở nên rất được ưa chuộng. Nhân vật chính Sei Iori rất giỏi lắp các mô hình GunPla nhưng không có kinh nghiệm thi đấu phải kết bạn với Reiji, một đấu thủ nhiều kinh nghiệm, để thắng giải vô địch GunPla quốc tế.
Bối cảnh diễn ra vào năm 2046. Cậu Haruyuki Arita cảm thấy mình luôn bị xã hội hắt hủi. Tủi thân với thực tại, cậu đi tìm cảm giác hơn người trong thế giới game ảo. Tất cả đã thay đổi khi cậu gặp Kuroyuki Hime, cô gái nổi tiếng nhất của trường. Kuroyuki Hime đã đưa cậu vào Thế giới gia tốc qua một chương trình gọi là Brain Burst.
Vị vua nửa xứ Uruk, Gilgamesh, được coi là một huyền thoại huyền thoại ... cho đến khi ngôi mộ hùng vĩ của ông được phát hiện ở Trung Đông. Mật mã hoàng gia này đã thu hút các nhà khoa học từ khắp nơi trên thế giới đến vùng đất, và với điều đó đã được công nhận danh tiếng của họ. Trong một nỗ lực chung, họ đã xây dựng Cổng Trời để theo đuổi sự tiến bộ của kiến thức con người.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
“Tôi có thể nhìn thấy nó. Cách tôi có thể giành chiến thắng…” “Lần này tôi sẽ đánh bại anh ta. Vì vậy, hãy đến với tôi một lần nữa … chấp nhận! ‘Bloom, những bài thủ của linh hồn!” Ở New Kyoto, một thành phố được cai quản bởi “King”, giá trị của một người được xác định bởi sức mạnh của người đó trong trò chơi thẻ giao dịch Build Divide.