Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Mở đầu câu chuyện, Takemichi 26 tuổi, là một cậu thanh niên thất nghiệp, sống tại Tokyo nhận được tin cô bạn gái duy nhất của mình từ hồi sơ trung – Hinata qua đời trong một vụ ẩu đả giữa các băng nhóm tội phạm. Trong khoảnh khắc khi Takemichi bị đẩy xuống đường ray xe lửa,
cuộc sống bình dị thường ngày của các thành viên thuộc đơn vị 501. Họ nấu nướng, dọn dẹp, sống cuộc sống vui vẻ mỗi khi Neuroi chưa bắt đầu cuộc tấn công tiếp theo. Câu chuyện kể về những sinh vật ngoài hành tinh với tên gọi là Neuroi đã đến xâm lược Trái Đất.
2 chị em Yui và Rena sống một cuộc sống yên bình trong vương quốc Enastoria, nhưng yên bình lại sớm bị phá vỡ và họ bị cuốn vào vòng xoáy định mệnh khi một con robot khổng lồ tấn công Enastoria.
Chuyện về 2 cậu bạn Smile & Peco ở câu lạc bộ bóng bàn. Makoto Tsukimoto (nicknamed Smile) is a quiet high-schooler whos been friends with the loud and energetic Yutaka Hoshino (nicknamed Peco) since childhood.