Riku Tachibana, một cậu bé sống cùng ông nội từ nhỏ. Hàng ngày, ông nội cậu thường có những cử chỉ bằng cánh tay rất lạ lùng. Một ngày nọ Riku nhận ra rằng đó là những chiêu thức mà ông đã âm thầm chỉ dạy cho cậu. Điều này làm thay đổi cuộc sống của cậu và mọi rắc rối bắt đầu.
Mushishi là một anime của Nhật kể về cuộc hành trình theo dấu chân Ginko, một Mushishi, đi ngao du từ nơi này đến nơi khác để tìm hiểu, nghiên cứu và giúp đỡ những người gặp vấn đề với Mushi (hay còn gọi là "trùng”, một dạng sống khởi nguyên, những sinh vật xa lạ, không hề giống với bất kì loài động thực vật nào, có loài có hại, có loài vô hại và cũng có loài cực kì nguy hiểm). Mỗi tập phim là một câu chuyện khác nhau kể về hành trình tiêu diệt các Mushi của Ginko, đầy màu sắc huyền bí và ảo ảo
Thế giới tồn tại hai thế giới song song. Một là thế giới con người, Assiah. Một là thế giới ác quỷ, Gehenna. Hai thế giới cơ bản không thể thông với nhau. Tuy nhiên, loài quỷ có thể tới Assiah bằng cách chiếm hữu thể xác con người
Thành Vatican - Đất Thánh của người Công giáo. Nơi đấy có một tổ chức tiến hành các cuộc điều tra nghiêm ngặt về "Những Điều kì bí về phép lạ" khắp nơi trên thế giới đều xác nhận là có thật.
Kazuya Kagami không bao giờ đi bất cứ nơi nào mà không có "Sakura Obi" quý giá mà mẹ anh đã tặng anh. Một ngày kia, một cô gái xinh xắn, trang trí kimono tên là Kiriha xuất hiện trước mặt anh. Kiriha tự nhiên bắt đầu sống với Kazuya trong phòng của mình