Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Trong cuộc chiến tranh nổ ra giữa mối bất đồng ngoại giao giữa Đế Quốc Britannia và Nhật Bản, sau khi bị đánh bại Nhật đã trở thành một thuộc địa của Britannia và đổi tên thành Khu Vực 11, còn người nhật thì bị gọi Eleven, Lelouch Lamperouge tên thật là Lelouch Vi Britannia cùng em gái Nunnally Vi Britannia bị cha đưa sang Nhật.
Vương quốc Metallicana đang bị Four Lords of Havoc tấn công. Nhóm nhân vật phản diện này - bậc thầy ninja Gara, nữ hoàng sấm sét chết chóc Nei Arshes, Kall-Su lạnh lùng và tính toán, và linh mục hắc ám bí ẩn Abigail
Dự án anime ngắn gốc Night World (Yoru no Kuni) của Ca sĩ Aimer và Đạo diễn Ryo-timo, là loạt phim hoạt hình đồng hành với album Walpurgis của Aimer. Tập đầu tiên có chủ đề là bài hát Trill trong album. Chào mừng đến với Thế giới đêm
Trong tưong lai rất xa, con người rời bỏ trái đã hoang tàn để chuyển đến một nơi gọi là "Thiên Đàng". Nhưng Thiên đàng đã bị sụp đổ sau một cuộc chiến tranh, buộc con người quay trở lại trái đất. Tuy nhiên, trái đất lúc này đã trở nên cực kỳ khắc nghiệt. Chỉ còn một phần nhỏ đất đai gọi là "Cực Đông" mà con người có thể sinh sống. Trước tình hình đó, con người đã tạo ra một thế giới song song tại đây để dân chúng tiếp tục an sinh. Tuy nhiên, thế giới này cũng bị va chạm với thế giới thật và sụp