Fuse là sinh vật nửa người, nửa khuyển tồn tại trong thời Edo, Nhật Bản. Trước tin đồn là Fuse săn lùng và ăn tim người để sống, chính quyền Tướng quân Tokugawa ban hành sắc lệnh tiêu diệt Fuse và trọng thưởng các thợ săn mang về đầu của Fuse.
Having escaped the many horrors of her village, Saya Kisaragi vows to hunt down the monster responsible and make him pay with his life. As she tears through flesh and bone for her vendetta, she encounters SIRRUT, a group of ingenious hackers, who enlist Saya to help them defeat a common enemy—someone she knows all too well.
Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa, giờ cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi còn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, một kẻ thù tân công toàn bộ hệ thống điều khiển giao thông của thành phố, chỉ có cô và con Logicoma của mình có thể ngăn chặn hắn, tuy nhiên cô không thể làm việc này một mình...
Chắc các bạn đã không còn quá xa lạ gì với những giả thuyết con người sẽ sống trên một hành tinh khác đúng không? Điển hình là giả thuyết trong tương lai con người có thể sống ở Sao Hoả, yeh và movie này cũng có chủ đề như thế, nhưng hành tinh ở đây không phải là sao Hoả, mà là sao Kim.
Hai năm đã trôi qua, kể từ khi Cloud sử dụng năng lượng “Dòng sinh mệnh” để ngăn chặn sự huỷ diệt của Jenova, cả hành tinh tưởng chừng chỉ toàn những màu xanh của cây cối.