Câu chuyện diễn ra trên 1 hòn đảo nhỏ Regalo, tại đây hòn đảo được bảo vệ bởi 1 nhóm người có tên Arcana Famiglia, gồm các thành viên có năng lực siêu nhiên. Vào ngày kia có 1 cô gái 16 tuổi tên là Felicita đến gặp cha cô, là người đứng đầu Arcana Famiglia. Cô được cha cho gia nhập vào nhóm “Serie of Sword”, và cô được gặp gỡ với những thành viên đẹp trai khác
Nanoha, một cô bé lớp 3 nhận được sức mạnh phép thuật từ hành tinh khác. Cô bé cùng với bạn của mình là Yuuno đã lên đường đi tìm Jewel Seed, một cấm vật có sức mạnh to lớn . Trong cuộc hành trình, cô bé đã gặp Fate, con gái của một đại pháp sư trước kia. Fate cũng đang giúp mẹ mình đi tìm Jewel Seed nhưng với một mưu đồ xấu.
Miyu bỗng bị bắt trở về quê nhá của mình, và Illya phải lết xác sang thế giới song song để giải cứu cô bạn của mình. Lại chuẩn bị đón chờ những màn action cực đã mắt của bộ này thôi nào!!
Haidang và Xia Fan, vốn là con người, có được năng lượng ma thuật mà họ mơ ước vì một cơ hội tình cờ. Được sự đồng ý của nàng tiên ma thuật Chia, anh trở thành một nàng tiên ma thuật nhỏ và cùng với Shiya bảo vệ thế giới loài người và đại dương ma thuật.
Đây có lẽ là cuối cùng của Da Capo, và nếu không, điều này chắc chắn là những câu chuyện cuối cùng về Hatsunejima và không bao giờ héo cây Sakura của nó. Rất nhiều điều được giải thích ở đây và nó cũng cho thấy một số lịch sử