Xoay quanh việc các nhân vật nổi tiếng thời Chiến Quốc từ thế giới song song (nam/nữ đảo ngược) lạc đến thế giới của chúng ta. Các nhân vật này đều có giới tính khác với lịch sử, trông như là các nữ sinh trung học. Họ đã rất bỡ ngỡ với thế giới mới, thời đại mới này, và dần dần trở thành bạn trong cuộc phiêu lưu kì lạ này...
Câu chuyện của anime diễn ra tại một thị trấn nông thôn bí ẩn, nơi xảy ra những sự kiện kỳ lạ. Shizuru Chikura, một cô gái trẻ, đang tìm kiếm người bạn mất tích của mình.
Câu chuyện kể về một cô gái tình cờ gặp một chàng trai với một mớ nhạc cụ khác thường. Cuộc gặp gỡ tình cờ này chính là giữa một nữ ca sĩ đầy hi vọng và một người chơi shamisen – loại nhạc cụ 3 dây truyền thống của Nhật Bản. Hai số phận đã được gắn kết lại với nhau bằng âm nhạc.
Năm 4699, những con tàu trôi dạt trong không gian được gọi là cá voi. Công Ty Săn Bắt Cá Voi Ahab là công ty được dẫn dắt bởi thợ săn cá voi nổi tiếng Ahab. Một hôm, có một đứa trẻ tên Lucky đến gặp Ahab, nhờ ông ấy giải cứu Mohd, hành tinh quê hương của cậu đang gặp nguy hiểm.
Tantei gakuen Q gồm có 5 nhân vật chính, là 5 học sinh của lớp đặc biệt học viện thám tử Q, ko chỉ là bạn học mà còn là đối thủ trên con đường giành quyền trở thành người kế thừa của thầy Dan - thám tử huyền thoại nổi tiếng và dồng thời cũng sáng lập ra học viện. Được nhận vào học viện là những tài năng với các năng lực đặc biệt: - Kyuu: Nhạy bén, có khả năng phán đoán và tố chất bẩm sinh làm một nhà thám tử. - Megu: cô gái có thể nhớ như in tất cả những gì mình đã nhìn thấy, dù chỉ là liếc sơ