Hàng triệu năm trước khi bóng tối còn bao phủ thế giới một vị thánh đã xuất hiện và đem ánh sáng đến cho con người tên vị thánh đó là Shepherd. Đánh tan bóng tối là cũng là lúc vị anh hùng đó biến mất như không, người đời dường như quên rằng ánh sáng có được do đâu. Cho đến thời đại về sau, hòa bình bắt đầu không còn nữa chiến tranh liên tiếp xảy ra
Câu chuyện diễn ra vào những năm 2138–43, thời điểm đó loài người đã có mặt trên khắp vài nghìn hệ sao. Một công ty được gọi là WWWA (hoặc 3WA) ra đời với nhiệm vụ giải quyết các vấn đề với quy mô lớn nhỏ khác nhau.
Hitomi, Rui và Ai là chị em siêu trộm mèo. Họ đánh cắp một bức tranh từ một bảo tàng vào khoảng thời gian Lupin đệ tam xuất hiện để tự mình đánh cắp một bức tranh khác. Cả hai bức tranh đều là một phần trong loạt tranh của Michael Heinz có tựa đề Cô gái và những đóa hoa
trong một thế giới của con người và thế giới của ma quỷ (youkai) đã chồng chéo nhau, để lại con người bước đi trên đường phố của cuộc sống như họ bình thường, trong khi quỷ đi, không thấy được bằng mắt thường, xuống các đường phố rất giống nhau.
Ngay sau khi xuất hiện vụ nổ xảy ra tại vùng vịnh Tokyo, nơi đang diễn ra cuộc họp các quan chức cấp cao. Ở hiện trường vụ án đã thấy bóng dáng của Tooru Amuro, "kẻ 3 mặt" ấy vừa là Zero trong Cục cảnh sát an ninh quốc gia, vừa là thám tử Rei Furuya, đồng thời cũng là Bourbon thuộc tổ chức áo đen.