Hikaru Shidou, Umi Ryuuzaki, và Fuu Hououji là những người lạ mặt mang về số phận khi họ gặp nhau trong một chuyến đi thực tế bình thường đến tháp Tokyo. Cùng với ánh sáng lóe sáng, họ nghe thấy lời kêu gọi của một người phụ nữ bí ẩn cứu Cephiro,
Một quái vật khổng lồ từ thế giới song song tìm đấu sĩ chiến hữu mạnh mẽ nhất Trái Đất và cảnh báo hiểm họa đáng sợ nhất sắp xảy ra. Lúc này, một kẻ nắm trong tay quyền kiểm soát hàng trăm quái thú âm mưu nuốt trọn địa cầu buộc cậu bé Gaou và các đồng đội phải dấn thân vào các cuộc quyết đấu trước các tấm thẻ bài quái vật hiếm đầy uy lực
được đặt trong một thế giới nơi các cánh cổng đột nhiên xuất hiện trên bầu trời, mở ra vô số ngục tối. Câu chuyện tưởng tượng nếu người chơi là một chủ tịch công ty sử dụng các nhà thám hiểm để đảm nhận các hầm ngục chứa đầy quái vật cho những kho báu nằm bên trong.
Giờ là năm 2577, con tàu có người lái đầu tiên đã đáp xuống Sao Hỏa với 6 phi hành gia được đưa đến để làm nhiệm vụ. Nhưng tất cả những gì họ thấy được là Những con Gián đột biến hình người với sức mạnh kinh hồn. Họ đã bị giết sạch, tuy nhiên, họ đã gửi được tín hiệu về Trái Đất. Giờ đây, con người đã đưa các chiến binh ưu tú nhất để diệt gọn đám bọ đột biến và giành lại Sao Hỏa.
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).