Trong Khủng Hoảng Xianglong diễn ra vào năm 2031, Leon Lau đã tận mắt chứng kiến sự việc diễn ra.Lò Phản Ứng Lượng Tử, một lò phản ứng thế hệ mới để thay thế nguồn nguyên liệu thiên nhiên đang dần cạn kiệt, đã phát nổ và phóng ra một loại năng lượng bí ẩn
Câu chuyện lấy bối cảnh ở vùng Sinnoh: Satoshi và Go gặp lại nhiều đồng đội hoài niệm như Hikari, gặp gỡ Pokémon huyền ảo mang danh là vị thần, Arceus cùng với bộ 3 Pokémon huyền thoại Agnome, Yuxie, Emrit.
Bối cảnh chuyện đặt trong những năm 2013. Được nuôi dạy như người thuộc tầng lớp ưu tú nhất từ năm 2 tuổi, 1 cậu bé tên Shion sống trong 1 khu vực đặc biệt được gọi là No.6. Trong đêm sinh nhật thứ 12 của mình, cậu cứu được 1 cậu bé tự xưng là “Nezumi”(Chuột). Nezumi đang tìm cách trốn thoát khỏi Khu Vực An Ninh Đặc Biệt (Special Security Area) của thành phố. Kể từ giây phút đó, cuộc đời của Shion đã thay đổi mãi mãi…
Makoto Mizuhara đang thực hiện thí nghiệm mới nhất của mình trong phòng thí nghiệm khoa học của trường, nhưng khi anh ta nghỉ giải lao, đối thủ trọn đời của anh ta, Katsuhiko Jinnai xuất hiện và cố gắng phá hủy thiết bị và làm mất uy tín của Makoto
về những cô gái biến hình thành robo. Haru một cô gái biến đổi hình thành một chiếc máy bay tiêm kích khi cố gắng để bắt một chiếc mũ bị thổi bay