Tiếp nối serie về Digimon Xros Wars, câu chuyện lần này vẫn về Kudou Taiki và các nhân vật mới. Câu chuyện lần này sẽ xoay quanh 1 bí mật ở Thế giới tồn tại giữa thế giới con người và thế giới số, nhân vật chính là Akashi Tagiru
Trong một bối cảnh giả tưởng Đông theo kiểu, một anh trai và em gái đội ngũ người giám hộ thiêng liêng được bao vây bởi các Gui Zong Xuân, tay sai của Mie Tian Hải, người tìm thanh kiếm Tian Xing Jian mà họ sở hữu. sự xuất hiện của hai dẫn đến sự thất bại của anh, nhưng em gái của mình, Dan Fei, nhảy ra khỏi một vách đá để an toàn tạm thời
nói về một việc đang là hiện tượng môi trường kỳ lạ 22 năm trước đây ở tỉnh Kanazawa gây ra đất để phân chia và nhô lên đạt tầm cao chưa từng có, tạo ra các khu vực hẻo lánh tên là The Lost Ground. Kazuma là một lính đánh thuê trẻ sống trong Lost Ground, tìm kiếm bất kỳ công việc anh có thể tìm thấy để duy trì sinh kế của mình trong môi trường khắc nghiệt.
Joe Higan là một Nukenin - một cựu ninja đã trốn thoát khỏi gia tộc của mình và đang trốn tránh quá khứ bạo lực của mình ở vùng nông thôn nước Mỹ cùng gia đình. Một đêm nọ, anh bị phục kích bởi một nhóm sát thủ từ tổ chức cũ của anh
Với sự giúp đỡ của văn phòng nợ Zombie Loan, họ đã có được cuộc sống thứ 2, tuy nhiên mạng sống của họ lại được mua bằng tiền nên 2 người đó đã trở thành những thợ săn Zombie, với mục đích kiếm tiền để đổi lấy tự do.