Câu chuyện về em lính đánh thuê Madlax. In the country of Gazth-Sonika, civil war rages. There, a mercenary called Madlax plies her trade, with almost supernatural skill. In the seemingly peaceful country of Nafrece, Margaret Burton lives a tranquil life.
Một ngày nọ, 2 cánh cổng của thế giới tiên và thế giới quỷ mở ra kết nói với thế giới loài người; từ đó tiên, quỷ và người sống hòa hợp trong cùng một thế giới. Tsuchimi Rin một học sinh cấp 3 bình thường, đang sống những ngày tháng yên bình với cô bạn thuở nhỏ Kaede. Nhưng một ngày kia, một biến cố lớn bất ngờ xảy đến với cậu.
Kamisaka Haruhi là một trong những học sinh giỏi nhất của trường phép thuật. Cô nàng muốn trở thành phù thủy vì hồi còn nhỏ cô đã được một cậu bé dùng phép thuật cứu thoát khỏi đám con trai đang chọc ghẹo mình. Bên cạnh cô còn có Hiiragi Anri, bạn thân và cũng là đối thủ.
Câu chuyện xoay quanh hai anh em nhà Elric, Edward và Alphonse. Cha của Ed và Al đã bỏ nhà để theo đuổi giả kim thuật từ khi hai người còn rất nhỏ, vì thế đối với cả hai anh em thì mẹ là gia đình duy nhất. Khi mẹ mất – lúc Ed chỉ mới 10 tuổi và Al 9 tuổi – hai anh em đã phạm vào điều cấm kị khi quyết định hồi sinh mẹ bằng giả kim thuật.
Những Sorcerer Hunter (Thợ săn phù thủy) được thành lập trên lục địa Spooner, tại đây dân cư được chia thành 2 nhóm, nhóm sử dụng được phép thuật và nhóm không sử dụng được phép thuật. Sorcerer Hunter được thành lập để bảo vệ những người không sử dụng được phép thuật.