Nova Prime chiêu mộ Nebula gia nhập Quân đoàn Nova sau cuộc đảo chính thành công của Ronan the Accuser chống lại Thanos. Năm năm sau, sau khi Xandar bị phong ấn khỏi vũ trụ để bảo vệ bản thân khỏi lực lượng của Ronan, Nebula phát hiện ra thi thể của Yondu Udonta và nhận được lệnh từ Nova Prime để điều tra.
Batman Beyond được đặt trong bối cảnh thời gian tương lai của vũ trụ hoạt hình DC (mặc dù được phát hành trước Static Shock, Justice League, và Justice League Unlimited), và được coi là phần tiếp theo của cả Batman: The Animated Series và The New Batman Adventures.
9 nước ở Linh Châu do Thiên Tử cai quản đã hơn 1000 năm. Đất Linh Châu chứa đựng huyền cơ, được các tu sĩ xem là căn nguyên tu hành đồng thời triển khai thành Huyền Thuật Pháp Môn. 8 vị chư hầu mỗi người cai quản 1 phương, cùng bảo vệ Thiên tử.
Phần 2 tiếp tục tập trung vào ác nữ Harley Quinn mới chia tay Joker, bắt đầu tự mình làm loạn Thành phố Gotham.
Một chú thỏ tuổi teen mong muốn trở thành một samurai thực thụ hợp tác với những người bạn chiến binh mới của mình để bảo vệ thành phố của họ khỏi quái vật Yokai, ninja và người ngoài hành tinh độc ác.