Bầu trời mùa hè trong vắt trải rộng khắp trường trung học nữ sinh Hoshinomiya. Câu chuyện này bắt đầu cuộc sống học sinh của Hinako Shirai, người vừa mới hồi phục sau một vết thương ở chân do một tai nạn. Hai chị em phép thuật Yuzu và Lime đã ban cho cô một sức mạnh đặc biệt để trở thành một "Người phản chiếu".
Một ngày nọ, 2 cánh cổng của thế giới tiên và thế giới quỷ mở ra kết nói với thế giới loài người; từ đó tiên, quỷ và người sống hòa hợp trong cùng một thế giới. Tsuchimi Rin một học sinh cấp 3 bình thường, đang sống những ngày tháng yên bình với cô bạn thuở nhỏ Kaede. Nhưng một ngày kia, một biến cố lớn bất ngờ xảy đến với cậu.
Công chúa Millhiore Filianno Biscotti đã đích thân đứng lên triệu hồi dũng sĩ mang tên Shinku hòng cứu lấy đất nước xinh đẹp của mình. Thế nhưng vị dũng sĩ mang tên Shinku đó chỉ là một cậu học sinh cấp 2, chưa hề biết gì về những chuyện này.
Nhân vật nữ chính mới của Magia Record là Iroha, một Ma Trang Thiếu Nữ đang tìm kiếm người em gái của mình tên là Ui đã mất tích ở Kamihama. Và cũng tại Kamihama, Madoka cũng đang tìm kiếm Homura đã bị mất tích.
ở một thế giới có sự tồn tại của pháp thuật từ rất lâu về trước, nhưng giờ đây, năng lực pháp thuật ấy đã biến mất hoàn toàn. Câu chuyện bắt đầu vào một đêm trăng tròn, khi cô học sinh cao trung Mangetsu Kohinata gặp gỡ Shingetsu Ernesta Fukami – một cô gái trở lại Nhật Bản sau khi định cư ở bên Đức một thời gian.