Ngay sau khi Vua Wicked đổ vỡ, Nữ hoàng Vườn ánh sáng đã mất trí nhớ và đến Trái Đất dưới hình thức một cô bé 12 tuổi tên là Hikari Kujou. Bây giờ, với sự trợ giúp của Nagisa và Honoka, với sự trợ giúp của Nagisa và Honoka, phải tìm ra 12 Heartiels, giữ chìa khoá để khôi phục lại những kỷ niệm đã mất của Nữ hoàng. Với nhau một lần nữa, chúng là Pretty Cure.
Nối tiếp Ss1, lần này Illya và Miyu có nhiệm vụ phải bình thường hóa "Sự rung động của Trái đất". Nhưng mệt mỏi thay khi xuất hiện trước mắt hai người lại là một Illya khác!?
Kururu, Chiriri, Sarara và Hororo là 4 nhóc tiên tý hon sống trong 4 chiếc lọ trên bàn của Sensei-san. Họ cùng nhau tìm hiểu về thế giới con người với mong muốn được trở thành một trong số đó nói chúng xem rồi sẽ biết
Shana và Alastor, tiếp tục chiến đấu với những Guze no Tomogara, những kẻ đang muốn chiếm lấy Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại từ con người. Trong trận chiến cuối cùng, Yuji đã bộc lộ là một mystes, một torch với Sức Mạnh Của Sự Tồn Tại vô hạn. Khi mà Tomogara muốn bắt Yuji và dùng cậu ta để phá vỡ sự cân bằng của thế giới, Shana quyết định bảo vệ Yuji. Sau đó Yuji đã thề chiến đấu cùng với Shana.Season 2 này tiếp tục của season 1.
2 năm đã trôi qua trên trên hòn đảo Hatsune yên bình. 1 buổi chiều tối, 1 cô gái bí ẩn xuất hiện và ngã gục trước mặt Asakura Junichi, cô đang tìm kiếm bà Sakura, người đã khuất. Vì cô ko còn nơi để đi, nên Junichi quyết định giữ cô ở lại.