Câu chuyện bắt đầu khi nhân vật chính Hikaru gặp người ngoài hành tinh Lala, Prunce và Fuwa khi ngắm bầu trời đêm. Cô biết đến Cung điện ngôi sao, nơi Công chúa 12 ngôi sao của các chòm sao giữ được sự cân bằng của vũ trụ cho đến khi họ bị tấn công. Lala đang tìm kiếm các chiến binh Precure huyền thoại để giúp tìm ra 12 Bút màu sao công chúa rải rác và hồi sinh các công chúa.
Lấy bối cảnh 10 năm sau Nanoha As. Nanoha, Fate và Hayate lúc này đã là những thành viên chủ chốt của Cục quản lý Không gian và Thời gian. Họ đóng vai trò là những người hướng dẫn cho thế hệ pháp sư tiếp theo là Subaru, Tiana, Caro và Erio. Đồng thời, mọi người sẽ phải chiến đấu với kẻ thù từ Project F, chính là chương trình mà mẹ của Fate đã tham gia trước kia.
Urushiba Rinka, một cô gái cao trung sống một cuộc sống nghèo khó, vất vả. Bỗng một ngày cô gặp một đàn chim cánh cụt bay qua bầu trời và những con cá bay lượn tung tăng, vâng, chính xác là bay lượn tung tăng, và những con cá đó lại bị đàn chim cánh cụt truy đuổi. Đúng lúc đó, đột nhiên Rinka bị một con cá bay xuyên qua người, và từ ấy cô sở hữu siêu năng lực "vượt qua mọi giới hạn vật lý" hay chúng ta vẫn gọi là "đi xuyên tường". Rinka cùng một người khác cũng mang trong mình siêu năng lực là
Synonyms: Prism Ark: Pri Ark Japanese: プリズム・アーク ぷりあーく A series of shorts parodying the main series Prism Ark.
Trong năm 298 từ thời của các vị thần, các học sinh tiểu học Sumi Washio, Sonoko Nogi và Gin Minowa được giao nhiệm vụ quan trọng. Họ sẽ trở thành anh hùng và chiến đấu với Vertex, một kẻ thù bí ẩn đang tấn công Shinju-sama, cây thần để bảo vệ Shikoku, khu vực duy nhất trên thế giới vẫn còn sống được. Điều mà họ không biết là cuộc chiến này sẽ tốn kém nhiều hơn những gì họ có thể tưởng tượng được.