Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Khi 3 kẻ hoàn toàn xa lạ với nhau, Mishiba Toki, Nakajou Nobuto và Saitou Kazu được một tổ chức chọn để tham gia vào Bus Game, dưới hình thức là một dạng võ đài đánh nhau ngầm giữa 2 hay nhiều cá nhân ẩn chứa nhiều điều bí ẩn, họ đã quyết định chọn tên cho team của mình là “AAA” (tức là 3 chữ anonymous – nghĩa là kẻ không có tên).
Shirobako nói về năm cô gái theo đuổi giấc mơ một ngày cùng nhau thực hiện một bộ Anime, và Shirobako chính là "Chiếc hộp trắng" của năm cô gái đó.
có nhân vật chính mới là Light Tenryu và câu chuyện của nó lấy bối cảnh tại trường Cao đẳng Shadovar, một cơ sở đào tạo những người chơi chuyên nghiệp của trò chơi Shadowverse. Tenryu Light, một học sinh chuyển trường, quyết định tham gia "Seventh Flame", một trong bảy câu lạc bộ Shadovar.