Ayaka Kagari, một cô gái tài năng trong thể thao, xuất sắc trong học tập, đứng đầu tất cả mọi thứ. Dĩ nhiên cô cũng có phép thuật mạnh nhất trên trái đất. Nhưng mục đích của cô là phải bảo vệ Honoka Takamiya, bạn cùng lớp của cô ấy bằng mọi giá.
Khi Nhật Bản đang trong cơn tuyệt vọng, 13 "Ác quỷ sống sót" đã hủy bỏ giao kèo với Quỷ để có được khả năng chiến đấu chống lại những kẻ xâm lược vô danh. Chỉ với 7 ngày còn lại để cứu lấy thế giới trước thảm họa toàn cầu, bạn phải đưa ra một quyết định rất quan trọng để sống sót.
Cốt truyện của Atom The Beginning diễn ra tại Nhật Bản sau một cuộc đại tai vạ. Trong thời điểm hoang tàn đó, có 2 thiên tài luôn mơ về tương lai, đó chính là Umatarou Tenma và Hiroshi Ochanomizu. Cả hai đã làm việc ngày đêm trong phòng nghiên cứu robot - Tenma tạo ra "thần" và Ochanomizu tạo ra "người bạn".
Đã nhiều năm trôi qua kể từ khi loài người bị đẩy đến bờ vực tuyệt chủng bởi sự xuất hiện đột ngột của các dạng sống chưa từng được biết đến, Gadoll. Những người còn sống hiện đang ở bên trong một pháo đài di động cao 3000m, Deca-dence, được xây dựng để bảo vệ nhân loại khỏi Gadoll.
Tokyo năm 2030, tại một khu ngoại ô nọ bất ngờ xuất hiện một âm thanh lạ có tần số cao cùng với một màn sương màu đỏ che phủ. Bất kỳ ai nghe được thứ âm thanh này kể cả động vật đều mất đi ý thức.