Đảo Itogami là nơi con người chung sống với các sinh vật có phép thuật khác như ma cà rồng, người thú,…Akatsuki Kojou, một học sinh cao trung đã vô tình trở thành Shinso, ma ca rồng mạnh nhất, vì vậy nên anh phải chịu sự giám sát của một pháp sư là Himeragi Yukina.
diễn ra trong các đô thị theo phong cách cyberpunk của thành phố Neo Saitama. Sau khi vợ và con của mình bị giết trong một cuộc chiến tranh giữa các ninja, Kenji Fujikido, đã bị ám ảnh bởi một linh hồn ninja bí ẩn được gọi là Naraku Ninja.
Khi bậc thầy sát thủ Usui Yuen dò xét một loạt các vụ ám sát được thực hiện đối với đại gia tộc samurai, Satsuma, anh đã gặp Kurima Raizo, thành viên và là người còn sống sót sau một trong những cuộc tấn công.
Một ngày nọ, Digimon Xros Loader bỗng xuất hiện trước mặt Taiki, là 1 cậu bé có trái tim nhân ái, và nghe được tiếng kêu cứu của Shoutmon. Digimon Xros Loader có thể giúp cho Digimon tràn đầy năng lượng. Và Taiki được chọn làm General. Taiki và bạn mình rơi vào thế giới song song, thế giới số. Tại đó, xuất hiện những tên địch nhằm tiêu diệt Taiki và các bạn. Một cuộc chiến xảy ra, Taiki và Shoutmon với sức mạnh của Digimon Xros Loader chống lại kẻ địch.
Trở thành Thiên Long để bảo vệ hiện tại, hay đứng đầu Địa Long để huỷ diệt với mong mỏi một sự thay đổi cho Địa cầu - quyết định của Kamui sẽ là chìa khoá mở cửa tương lai. Nhưng dù lựa chọn bên nào, cuối cùng Kamui vẫn phải đối đầu với người cậu yêu thương nhất. Bảy Thiên Long, bảy Địa Long, mười bốn cuộc đời được sắp đặt để gặp nhau trong vòng quay định mệnh. Chiến đấu vì cái gì? Số phận đã được định đoạt hay chưa? Vì sao không được giết con người? Và tương lai liệu có phải là điều không thể