Kojirou Shindou, một nhân viên ngoại vụ, tình cờ có mặt tại Sân Bay Haneda để chuẩn bị chuyến công tác. Giữa máy bay đang trên đường băng, bỗng chốc một khối kiến trúc đồ sộ xuất hiện từ hư không. Chiếc máy bay mang theo Shindou cùng 251 hành khách lạc vào bên trong khối kiến trúc đó. Tại đây Shindou gặp được một chàng trai trẻ, Yaha-kui zaShunina, và câu truyện bắt đầu.
Đảm nhận vai trò của một thành viên chủ chốt của Rhodes Island, một công ty dược phẩm chống lại cả căn bệnh nhiễm trùng chết người và tình trạng bất ổn mà nó để lại sau khi xảy ra.
Hai đặc vụ bí mật Éclair và Lumière của Encounter of Shadow-work (ES) đã từng tham gia vào cuộc chiến để quyết định số phận của nhân loại trong dải ngân hà. Họ giành chiến thắng và hòa bình được lập lại. Giờ đây, sau một vài năm, dải ngân hà một lần nữa lại đứng trước bờ vực của sự hỗn độn. Cuộc chiến này sẽ có sự xuất hiện của hai người anh hùng mới: Ascoeur và Q-feuille
kể về Cygames phát hành Granblue Ảo dành cho iOS và các thiết bị Android trong tháng mười hai năm 2013. Trò chơi có nhạc từ Final Fantasy soạn nhạc Nobuo Uematsu và nghệ thuật của Final Fantasy VI và Final Fantasy IXthiết kế mỹ thuật Hideo Minaba . Cygames công bố trước đó rằng các trò chơi sẽ nhận được phiên bản tiếng Anh, nhưng công ty chưa công bố nó.
Từ rất lâu trước đây có một bộ tôc mạnh nhất Tribe of Gold đã kêu gọi các bộ tốc khác cùng bay vào vũ trụ. Nghe theo lời kêu gọi của họ gồm ba bộ tộc là Tribe of silver Tribe of bronze và Tribe of Hero Sau đó một bộ tộc cuối cùng là con người cũng bay vào vũ trụ và được gọi là Tribe of Iron