Câu chuyện diễn ra tại học viện tư thục Buou -một học viện lớn án ngự dưới chân núi Phú Sỹ linh thiêng do gia tộc Tokugawa lập nên. Học viên của trường đều là con cháu-họ hàng của các gia tộc samurai và được đào tạo -huấn luyện các kỹ năng chiến đấu và tư tưởng Mạc Phủ để phục vụ cho Đại Nhật Bản sau khi tốt nghiệp .
Sahashi Minato chán nản vì thi rớt đại lần thứ hai, bị mẹ cắt một nửa lương, chưa một mối tình vắt vai, đang trên đường đi về nhà trọ thì bỗng nhiên trên trời rơi xuống một cô gái xinh đẹp tên Musubi đang bị hai cô gái khác truy đuổi. Sau khi trốn thoát được, cô tự nhận mình là Sekirei và đang tìm một Ashikabi. Vậy Sekirei và Ashikabi là gì và câu chuyện sẽ diễn biến như thế nào, mời các bạn theo dõi
Một thành phố hư cấu có tên Kazamatsuri, chính sách bảo vệ cây xanh và trồng rừng đã biến nơi đây thành thiên đường xanh mát với nhiều thảm cỏ và hoa trên đường tương tự như những tòa nhà mọc chen chút nhau trong các thành phố lớn.
Một lỗ hổng giữa Trái Đất và Dị Giới đã nứt ra bao quanh thành phố New York, giam giữ người dân New York cùng những sinh vật từ chiều không gian khác trong một kết giới không thể xuyên thủng.
Một nhóm học sinh vừa mới trúng tuyển vào Học Viện Quân Sự Trung Ương thì ngay sau đó, một nhóm khủng bố có vũ trang mang tên Hallarax đánh chiếm Aries - Trạm không gian mà họ chuyển tới. Liệu họ sẽ làm gì? Đầu hàng hay chống lại? Sống sót hay là tử vong?