Peter Parker khi này mới chỉ là một cậu học sinh trung học và nhận được sự giúp đỡ từ tỷ phú Tony Stark (Người Sắt). Mối quan hệ giữa Spider-Man và Iron Man hé mở từ Civil War và tiếp tục phát triển trong bộ phim này.
Tương lai. Chế độ tham nhũng phát ra ảo ảnh của một thành phố xinh đẹp đến con chip trong đầu bạn, trong khi thực tế thành phố đang bị hủy hoại. Những kẻ nổi loạn biết sự thật và tìm cách thúc đẩy cuộc cách mạng.
Trong khi Air Force One đi vào trung tâm một cơn bão trong Tam giác Bermuda, Hải quân Hoa Kỳ phát hiện một con quái vật khổng lồ dưới biển tỉnh dậy và tấn công hạm đội ...
Một cuộc chiến mới lại bắt đầu với những người đột biến gien di truyền, cả tốt lẫn xấu khi tổng thống Mỹ bị ám sát tại Nhà Trắng. Magneto trốn thoát. Nhưng giờ, họ phải cùng hợp sức để chống lại một người: tướng William Stryker - người chủ trương tiêu diệt hết những người đột biến trên thế giới và Yuriko - một người đột biến luôn đối đầu với Wolverine.
Điều gì xảy ra khi bạn hỏi chương trình máy tính mạnh nhất, chạy bằng máy tính mạnh nhất, để làm theo, lắng nghe và dự đoán hành vi của con người? Chương trình học, trở thành sinh và hoạt động giống như một con người.