Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Trong thế kỷ thứ 25 , một tàu vũ trụ chở 300 người rời khỏi trái đất để tìm kiếm hành tinh mới trong hệ mặt trời , nhưng một tai nạn bất ngờ xảy ra . Họ đâm vào một hố đen được kết nối với một vũ trụ khác . Những người trên tàu, bị hút tới một hành tinh gọi là Ismo . Câu chuyện bắt đầu 12 năm sau khi họ đã ở lại Ismo 12 năm
CLB Robot của trường Chuuoutanegashima đang đứng trước nguy cơ giải tán. CLB chỉ có 2 thành viên là Kaito Yashio, 1 nam sinh chỉ chăm chỉ chơi game đối kháng robot, và ko quan tâm đến CLB. 1 nữ sinh ăn hại, táo bạo có tên Akiho Senomiya, muốn hoàn thành chế tạo 1 con robot. 1 ngày kia Kaito phát hiện ra 1 bản báo cáo viết về A.R, trong này còn có 1 bản cáo trạng về âm mưu của người có tên Kou Kimishima.
Balsa là một lãng khách dùng cây thương của mình để cứu người nhằm bù đắp cho những sinh mạng mà cô lấy đi trong quá khứ. Trên hành trình của mình, cô giải cứu nhị hoàng tử Chagum và chấp nhận bảo vệ cậu ta khỏi những sát thủ do chính cha Chagum cử tới ...
Sau khi thế giới Digimon có được hòa bình nhờ vào sự giúp đỡ của 8 đứa trẻ đến từ thế giới loài người. Nhưng Tứ Linh lúc này vẫn còn bị kẹt trong phong ấn của Dark Master do Apocalymon tạo ra và để có thể được giải thoát