Senagaki Isaku sẽ là một học sinh trung học năm nhất bắt đầu từ mùa xuân này. Ông của cô là bang chủ đệ Tam của băng nhóm Senagaki, một tổ chức yakuza, vì vậy cô rất sợ những người xung quanh.
30 năm trước, một hiện tượng kỳ lạ được gọi là spacequake (tạm dịch là không chấn) đã tàn phá trung tâm của đại lục Á-Âu, đe dọa mạng sống của ít nhất 150 triệu người.
Trong một thị trấn bình thường, có những người sống một cuộc sống yên bình và viên mãn. Nhưng họ không biết rằng đó là một nền hòa bình giả tạo. Sự thật chưa kể ... Trái đất đã bị hủy diệt
Nối tiếp sau các sự kiện của Made in Abyss Movie 3: Dawn of the Deep Soul, phần thứ ba của Made in Abyss bao gồm cuộc phiêu lưu của Reg, Riko và Nanachi trong Tầng thứ sáu
trong tương lai gần khi từ nền văn hóa hip-hop bão hòa và nảy sinh ra một làn sóng mới được gọi là "Phantom Live". Tại đây, loài người đã sử dụng thứ được gọi là "kim loại ma" gắn liền với các phụ kiện, các rapper thì tạo ra "illusions" (ảo ảnh) gắn với cảm xúc thông qua phản ứng hóa học của kim loại vào DNA.