Câu chuyện diễn ra tại thành phố Z của Nhật Bản tại thời điểm thế giới đầy những quái vật bí ẩn với sức mạnh ghê ghớm đã xuất hiện và gây ra biết bao nhiêu thảm họa.
Câu chuyện lấy bối cảnh ở một thế giới nơi đất liền đang bị nuốt chửng bởi Biển Tuyết Vĩ Đại. Nhân loại đang trải qua một cuộc sống khắc nghiệt bên trên Tenmaku (một cách chơi chữ trong từ tiếng Nhật có nghĩa là lều), trải dài từ gốc đến ngọn của những Cây Quỹ Đạo khổng Lồ.
Anime Halo có cốt truyện xoay quanh vị chỉ huy kiệt xuất - anh hùng Master Chief (một chiến binh đã được cải tiến gien nhờ khoa học công nghệ giúp anh có thể sử dụng mọi vũ khí tối tân và đủ trí lực đánh bại kẻ thù ngoài hành tinh Covenants) cùng các đồng đội trong tiểu đoàn thiện chiến SPARTAN, đại diện cho khối liên minh UNSC chống lại thế lực của tộc người ngoài hành tinh Covenants hung bạo
Trong tương lai không xa, loài người sẽ phải đối mặt với sự hủy diệt từ những sinh vật khổng lồ bí ẩn. Chúng được gọi là "Huge". Toàn bộ thế giới đã hợp nhất với nhau chống lại Huge và phát triển một thứ vũ khí mới được gọi là "CHARM" (Counter Huge Arms).
Đây là một thế giới của phép thuật, nơi phép thuật được sử dụng cho mọi thứ. Nhưng sâu trong khu rừng tồn tại một chàng trai dành thời gian của mình để tập luyện. Anh chàng không thể sử dụng phép thuật, nhưng anh ấy tận hưởng một cuộc sống yên bình với cha mình.