Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Câu chuyện xoay quanh anh chàng Kanade Amakusa – một cậu bé bị nguyền rủa với khả năng “đa lựa chọn” – mỗi khi gặp vấn đề thì trong đầu của anh ta sẽ hiện ra rất nhiều lựa chọn giống như Eroge và những gì anh ta chọn đều trở thành hiện thực.
Một thế kỉ đã trôi qua kể từ khi ma pháp trở về với thế giới. Vào mùa xuân, những học sinh mới đã bắt đầu tề tựu về Cao Trung 1. Spin-off của tựa phim Mahouka Koukou no Rettousei với những sự kiện qua góc nhìn của Miyuki Shiba. Cuộc đời của học sinh ưu tú với nhiều bất ngờ... và những cảm xúc được giấu kín.
Câu chuyện xoay quanh một tên Otaku tên là Tomoya Aki, cậu đang đi làm thêm để có đủ tiền mua được bộ anime bản Blu-Ray mà cậu yêu thích. Trong kì nghỉ xuân, cậu tình cờ gặp được một cô gái xinh đẹp trên đường về nhà, và cô gái đó giống y chang mẫu nhân vật trong các doujin game mà cậu hằng ao ước. Nhưng đến mãi sau này cậu mới nhận ra rằng cô ấy tên là Megumi, học cùng lớp với cậu
bắt đầu với một cô bé tên Kumiko Oumae, từng chơi trong dàn nhạc giao hưởng trường sơ trung đi tham quan câu lạc bộ giao hưởng với tư cách học sinh năm nhất. Bạn cùng lớp của Kumiko là Hazuki và Sapphire quyết định tham gia vào CLB, nhưng Kumiko lại lưỡng lự khi gặp lại người bạn cũ Reina.