kể về câu chuyện được đặt trong một thế giới mà con người có vẻ bề ngoài là nô lệ phục vụ các chủng tộc khác nhau của những người đàn ông được gọi là con thú Ferals, và sau những cuộc phiêu lưu của Kyrie Illunis, người nào đó gió lên đi du lịch với con người khét tiếng Morte Ahserah, các nhà lãnh đạo của “Ủy ban Tiêu hủy World”, một nhóm có mục đích duy nhất là để tiêu diệt thế giới.
Câu chuyện bắt đầu khi cậu bé Shindou Hikaru tình cờ đến nhà ông nội và bắt gặp 1 chiếc bàn cờ vây cổ, không ai nhìn thấy vết máu trên bàn cờ ngoài cậu. Sau đó, cậu đã gặp Fujiwara no Sai, 1 kỳ thủ cờ vây đến từ thời đại Heian, vốn là 1 người dạy cờ vây cho nhà vua, nhưng bị 1 người dạy cờ khác ganh ghét hãm hại, nên bị đuổi khỏi thành.
Câu chuyện diễn ra trong tương lai, khi thế giới đang bị những sinh vật làm ô nhiễm “pollutant” đẩy loài người vào một thành phố di động mang tên Regios. Lei-Fon Alseif, một học sinh năm 1 phổ thông, đã miễn cưỡng tham gia vào đơn vị nghiên cứu võ thuật 17 do một sinh viên năm cuối Nina Antouku dẫn đầu chống lại những “Pollutant Beasts”
Tại một thế giới dưới lòng đất nào đó mang tên là Endra được chiếu sáng bởi Adamas khổng lồ. Một ngày nọ, Shun Asanaga - một học sinh trung học 15 tuổi người trên mặt đã vô tình chạm vào 1 tinh thể của người cha cũng là nhà khoa học mình và bị dịch chuyển đến Endra.
Tiếp tục hành trình thu thập huy hiệu thứ ba để tham gia liên minh Kalos. Season này sẽ tiếp tục vén bức màn bí mật và tập trung về Mega.