Câu chuyện xảy ra sau khi các sự kiện của Grisaia no Meikyuu. Kazami Yuuji đã bị giam giữ khi bị nghi ngờ có tham gia vào một tổ chức khủng bố quốc tế, cầm đầu là tên Heath Oslo, đã quản lý để nhập biên giới của Nhật Bản với một vũ khí mới tàn phá hủy diệt hàng loạt trong tay.
Zaidanhoujin Occult Designer Gakuin câu chuyện xoay quanh Maya, con gái của cựu hiệu trưởng của Học viện Waldstein, và một thời gian đi du lịch đại lý Fumiaki Uchida. Trong năm 2012, thế giới đã bị xâm chiếm bởi người ngoài hành tinh và khách du lịch thời gian đã được đưa trở lại vào năm 1999 để tìm và tiêu diệt các Nostradamus Key, mà Nostradamus Prophecy báo trước như những gì sẽ mang lại sự khải huyền.
Một câu chuyện học đường nhẹ nhàng nhưng cũng vô cùng kỳ quái. Art dễ thương pha trộn nhiều hành động bất ngờ khiến câu chuyện hài hước đến không ngờ.
Sai trận bán kết, 5 trường Seigaku, Rokkaku, Shitenhouji, Higa và Hyotei thi ăn yakiniku (thịt nướng). Cuộc thi kết thúc bằng những cái xác chất thành đống tiền cùng với cái hóa đơn ¥1,274,960 kèm theo thuế ¥63,748. Phần cuối là phần review trận chung kết.
Câu chuyện bắt đầu với Hiromi Maiharu, một cô gái mới chuyển từ Nagasaki tới Kamakura. Cô bắt đầu một ngày ở Kamamura và ở trường bằng cách đi xe đạp nhưng cô đã không đạp xe từ rất lâu. Trên đường dự lễ khai giảng đầu năm, cô đã gặp Tomoe Akitsuki và Tomoe đã giúp cô ấy luyện tập xe đạp cho tốt hơn.