Giải đấu bóng đá trẻ toàn thế giới, Football Frontier International Version (FFIV2) được tổ chức, và Inazuma Japan đã được thành lập. Tuy nhiên, các đại diện của Nhật Bản là các cầu thủ tuyển chọn chưa được thấy thi đấu bao giờ, và đây là "đội tuyển sẽ đại diện Nhật Bản" thi đấu với các đội tuyển thế giới!?
Trên lục địa Cruzon, cuộc chiến giữa đế chế Krisna và quốc gia Athens đang gần kề. Người dân trên hòn đảo này có thể sử dụng quartz để thực hiện điều ước của mình. Nhưng một người không thể sử dụng quartz là Rygart Arrow. Cậu ta không phải là một phù thủy thực thụ nhưng vì thế mà cậu ta có thể điều khiển 1 golem cổ xưa, một golem bá đạo có thể chống lại cuộc xâm lăng của đội quân Athens.
Thời đại Mạc Phủ. Nơi Kinh Đô không còn là Kyoto, mà là Edo. Một câu chuyện xoay quanh cuộc đời và sự nghiệp chiến đấu của các thành viên trực thuộc Tân Đảng-Tân Tuyển Đảng (Shinsengumi). Với chữ “Thành” thêu trên cờ xí, những kiếm sỹ Tân Đảng coi cái chết nhẹ tựa lông hồng, mục tiêu của họ chính là bảo vệ trị an của một thời đại sắp sửa lụi tàn nhường bước cho Minh Trị thời đại.
Shun Tokinoya là học sinh trung học năm thứ hai sống cùng mẹ và em gái. Sau khi cha anh qua đời trong một vụ tai nạn và em gái anh bị thương, anh đã bỏ trò chơi mà mình yêu thích và hiện làm việc tại một quán cà phê thể thao điện tử tên là "FOX ONE".
Nữ nhân vật chính đang dạo quanh Kyoto Đột nhiên cô được một người đàn ông lạ mặt tặng cho một chiếc đồng hồ bỏ túi bí ẩn. Cô cầm theo chiếc đồng hồ, và khi đi ngang qua cổng ngôi đền torii, cô đã bị dịch chuyển về quá khứ, đến thời đại Mạc Mạt (Bakumatsu) - những năm cuối cùng của thời đại Edo, cách thời điểm hiện tại là 150 năm. Cô phải tìm cách trở về nhà thời hiện tại, nhưng làm thế nào đây?