Là sequel của anime nổi tiếng Eureka Seven chiếu năm 2005. Câu chuyện lần này lấy bổi cảnh là đảo Iwado của Okinawa, trong thời gian gần đây bỗng nổi lên 1 phong trào đòi quyền tự trị. Nhân vật chính Ao Fukai sống cùng 1 ông bác sĩ già tên Toshio, cha cậu không rõ đã đi đâu còn mẹ cậu đã bị bắt cóc bởi 1 nhóm người lạ mặt 10 năm về trước. Cậu chơi thân với Naru Arata, 1 cô bạn chứa trong mình 1 sức mạnh có tên “yuta”.
Lần này, những chiến binh dũng cảm phải chiến đấu với một tổ chức sát thủ bí mật chuyên giết người. Tổ chức này được biết tới với cái tên Dancing Swords (Những thanh gươm nhảy múa) họ tập trung những người có kỹ năng chiến đấu tốt và sức mạnh được thức tỉnh như của Hiyuu và mọi người chỉ có mục tiêu ám sát những kẻ sống ngoài vòng pháp luật. Hiyuu, Aoi, Kyoichi, Sakurai và Daigo bị tấn công bởi những kẻ này và phải chiến đấu chống lại chúng
Đã hai năm trôi qua kể từ cuộc đột kích của CCG trên Anteiku. Mặc dù khí quyển ở Tokyo đã thay đổi mạnh do ảnh hưởng của CCG, ghoul vẫn tiếp tục gây ra vấn đề khi họ bắt đầu thận trọng, đặc biệt là tổ chức khủng bố Aogiri Tree, người thừa nhận mối đe dọa ngày càng tăng của CCG đối với sự tồn tại của họ.
Chuyện kể về một cô bé đi tìm thằng khốn nạn dám hôn trộm và chuốc thuốc mê cho mình xong rồi hắn... hắn... hắn.
Cùng với Madara, một Ayakashi hùng mạnh dưới hình dạng một chú mèo mập, Natsume lại trải qua những ngày tháng đầy rắc rối của mình. Nhưng mỗi một yêu quái cậu gặp là mỗi một cảnh đời, mỗi một niềm vui nỗi buồn khác nhau. Giúp đỡ hay phản bội, chia ly hay hội ngộ, tất cả đều trải qua rất nhanh khiến Natsume càng cảm thấy sợ sự cô đơn, nhưng Madara đã nói “Cuộc sống của con người ngắn ngủi đến đáng sợ, nhưng ta sẽ cùng cậu trải qua sự ngắn ngủi ấy”