Nhóm Takuya đanh trên chuyến hành trình của mình thì bị lạc đến Đảo Lang Thang. Khi Takuya, Tomoki, Junpei,, Bokomon và Neamon tỉnh lại thì gặp được Kotemon. Ngay lúc đó, các Digimon tộc thú được lãnh đạo bởi Hippogriffomon đến tấn công tộc người do Darrcmon lãnh đạo.
Saintia Shou diễn ra xen kẽ với bản gốc chính truyện. Mạch truyện bắt đầu trong khi Thánh Địa đang bị thao túng bởi Gemini Saga, lúc này đang mạo danh Giáo Hoàng truy sát Athena. Song song với 5 Đồng Thánh huyền thoại đang chiến đấu chống lại sự vây quét của Thánh Địa, Saori đã huấn luyện thêm một đội cận vệ nữ của riêng mình, các Saintia (Thánh Vệ).
Sử dụng Pokémon Ngân hàng, bạn sẽ có thể chuyển Pokémon bạn đã bắt gặp trong Nintendo 3DS phiên bản Virtual Console của Pokémon Red, Pokémon Blue, và Pokémon Yellow thành bản sao của Pokémon Sun hay Pokémon Moon. Pokémon Pokémon Omega Ruby, Pokémon Alpha Sapphire, Pokémon X và Pokémon Y cũng có thể được đưa vào Pokémon Sun và Pokémon Mặt trăng trong cùng một cách.
Theo như phiên bản hiện tại của câu chuyện (từ thời Edo), Momotarō xuất hiện từ bên trong một quả đào khổng lồ, quả đào đang trôi dạt trên dòng sông thì tình cờ được một bà lão đang giặt đồ gần đó vớt lên. Gia đình ông bà lão này đã lớn tuổi mà vẫn chưa có con, bà lão đem quả đào về nhà định bụng sẽ ăn cùng ông lão nhưng hai vợ chồng ông bà rất ngạc nhiên khi bổ quả đào ra thì thấy một cậu bé nắm trong đó.
Nakajima Youko is your average somewhat timid high school student. One day, a strange man named Keiki appears before her, swearing allegiance. Before she could properly register what was happening, demon-like creatures attack Youko and her friends, after which they are pulled into a different world. A world unlike what she has ever known. Separated from Keiki, Youko and her friends must do whatever they can if they wish to survive in this new world.