Cốt truyện xảy ra vào 10 năm sau của Yu-Gi-Oh phần đầu. Lúc này Yugi Muto đã trở thành một tượng đài bất diệt trong làng bài ma thuật. Nhân vật chính của series là Yuki Judai, một thiếu niên đam mê bài ma thuật quyết tâm trở thành Vua đấu bài. Cậu tham dự kỳ thi tuyển vào học viện đào tạo bài thủ Duel Academy và được xếp vào nhà Osiris Red.
kể về hành trình phá án ly kỳ của thiên tài thi ca Ishikawa Takuboku và nhà ngôn ngữ học lừng danh Kindaichi Kyosuke vào thời Minh Trị. Takuboku vì rơi vào cảnh bần cùng, tài chính kiệt quệ đã phải bỏ làm thơ để mở một văn phòng thám tử tư tại nơi mình ở có tên là Văn Phòng Thám Tử Chim Gõ Kiến.
Quà tặng, một thế giới bao phủ trong lấp lánh tinh thể màu xanh gọi là gifdium. Sougo Amagi là một cậu bé sống ở thành phố Garden Indigo, nơi đã phát triển lớn mạnh từ việc khai thác những tinh thể này.
Câu chuyện này diễn ra khoảng một trăm năm trước. Nadja là một cô gái vui vẻ, tươi sáng, được nuôi dưỡng trong một trại trẻ mồ côi gần London, Anh. Nadja được giao cho trại trẻ mồ côi khi cô còn nhỏ.
Its a Wonderful World, This Wonderful World, Subarashiki Konosekai, Subaseka, TWEWY. Hoàn thành nhiệm vụ… hay là bị xoá gương mặt. Đó là tất cả những gì Neku biết sau khi tỉnh dậy giữa ngã tư đường phố nhộn nhịp mà trong đầu không còn chút kí ức