The year is 2025. Five years have passed since the Tokyo Olympic Games were called off after deadly terrorist attacks. An international school run by the United Nations now stands in the former Olympic site on the edge of Tokyo Bay. Seven teenagers with special abilities, known as “Flowers,” are among the students.
The year is 21XX. Reploids are commonplace now, after Dr. Cain rediscovered Dr. Lights old lab and based several designs off of Dr.Lights original, called "Megaman X." X, meanwhile, has joined the Maverick Hunters, and works with unit leader Zero under the command of General Sigma. It is their job to terminate rogue reploids, those who have become violent.
Năm 3195, đã có một cuộc chiến giữa robot và con người. Khi Shaian, một robot chiến đấu có tri giác, mất đi bạn đồng hành của mình trong trận chiến, anh đã tắt hệ thống cho đến khi cảm biến của anh phát hiện ra một con người mới. Gần 1000 năm sau, kẻ thù lớn nhất của Shaian vẫn còn sống và đang chiến đấu ở Brazil.
3 kẻ vô gia cư: Gin – 1 tay cờ bạc nợ nần chồng chất, Hana – 1 gã “bóng”, và Miyuki – 1 nữ sinh bỏ nhà đi cùng chung sống với nhau tình cờ tìm được 1 em bé sơ sinh bị bỏ mặc trong bãi rác. Họ quyết định đặt tên đứa bé là Kiyoko, và sau nhiều tranh cãi, quyết định lên đường để tìm cha mẹ đẻ của đứa bé. Và trên hành trình đó, bí mật của mỗi người dần dần được hé lộ
Mở đầu một câu chuyện mùa-hè-ở-miền-quê đặc trưng của Nhật và đột ngột chuyển thành cuộc phiêu lưu ngoài vũ trụ. Một nhóm năm trẻ em gan dạ bỗng bị chuyển tới phần tối của mặt trăng – nhưng lại hóa ra là một khu nghỉ dưỡng giữa các vì sao – và thậm chí khi đi xa hơn, tất cả bởi vì một viên thuốc to lên ở khắp mọi nơi trong vũ trụ được cho là mọc ra từ Trái đất.