Năm 2005, một virus máy tính được gọi là Pluto Kiss đã tắt và hạn chế một cách hoàn toàn mạng lưới Inteet toàn cầu. Năm 2007, sau khi hủy bỏ mạng lưới rộng lớn, 1 game MMORPG mang tên The World được phát hành.Tsukasa đột nhiên tỉnh dậy và thấy mình đang ở trong The World.
Trong một thế giới chuộng vẻ bề ngoài, một học sinh cấp ba lạc loài sống cuộc sống hai mặt bằng cách thay phiên dùng hai cơ thể có ngoại hình đối lập hoàn toàn.
In the year Regild Century 1014, an entire millennium has passed since the end of the fabled Universal Century, where legends like Amuro Ray and Char Aznable ruled the battlefield as ace mobile suit pilots. The Earths surface that was once hotly contested is now mostly abandoned, with humanity preferring to live in space colonies and the surface of the moon.
Tiếp theo Season 1, Season 2 này sẽ đi sâu vào câu truyện về các Sister. Là những cảm xúc và hành đồng nhất thời của Mikoto Misaka khi cô phát hiện ra kế hoạch Sister. Kế hoạch được vạch ra để đưa Level 5 Accelerator lên Level 6.
Trong một thế giới nơi con người và các robot tồn tại cùng nhau, Rouge là một cô gái robot, đang thực hiện một nhiệm vụ trên Sao Hỏa cùng với đối tác của mình là Naomi. Nhiệm vụ của họ là ám sát chín người nhân tạo đối lập với chính phủ.