Hai năm đã trôi qua, kể từ khi Cloud sử dụng năng lượng “Dòng sinh mệnh” để ngăn chặn sự huỷ diệt của Jenova, cả hành tinh tưởng chừng chỉ toàn những màu xanh của cây cối.
Câu chuyện mở đầu với trận chiến tại một bờ biển hoang vắng vào ban đêm giữa ninja làng Cát và những tên khổng lồ mặc chiếc áo giáp nâu. Những ninja làng Cát đang hoàn toàn bị thất thế trước những tên to lớn này. Đúng lúc đó Gaara và Kankuro xuất hiện để bảo vệ họ. Do lá chắn cát của Gaara quá mạnh nên những tên to lớn kia buộc phải rút lui. Họ nhìn thấy những tên ấy chạy ra một con tàu chiến giữa biển. 2 ninja quyết chèo thuyền ra để tìm hiểu rõ về con tàu ấy, mặc cho người khác khuyên ngăn,