Touru Soma là thành viên của Steppen Wolf, 1 nhóm hacker. Nhóm này quyết định sẽ làm một cuộc tấn công hack lần nữa bằng cách xâm nhập vào FLAK, một tổ chức quân đội lớn lập ra bởi United Nation để chống lại khủng bố mạng. Tuy nhiên, họ bị phát hiện, và Yuya chết, lãnh đạo của Steppen Wolf và bạn của Touru bị bắt.
Những hang động khổng lồ, được gọi là Thung lũng, là nơi duy nhất chưa được khám phá trên thế giới. Không ai biết khi đi sâu xuống qua các hố khổng lồ nơi có những sinh vật kỳ lạ và kỳ diệu và đầy những di tích cổ kính bí ẩn mà người ta không biết đến ở thời hiện đại này.
Trong phim, nhân vật chính là Ash Ketchum VK cùng những người bạn của cậu như: Brock, Misty, Tracey, May, Max và Dawn. Và dĩ nhiên, không thể thiếu chú Pokémon điện nhỏ màu vàng Pikachu. Ash vượt qua 5 vùng đất trong vương quốc Pokémon (Kanto, Orange, Johto, Hoenn và Sinnoh) để giành được danh hiệu nhà huấn luyện Pokémon vô địch (Pokémon Master). Cứ mỗi cuộc hành trình vào các vùng đất, cậu lại làm quen với những người bạn mới và thu phục các Pokémon mới.
A few months have passed since the VF Circuit, and Aichi is now in High School. However Aichi is in a different high school than most of his friends, a high school where the instructors focus on looking towards the future.
Câu chuyện xoay quanh anh chàng thám tử “điên” KAMONOHASHI Ron và thanh tra mới vào ngành ISSHIKI Totomaru. Từng là một thám tử nổi tiếng, thế nhưng Ron lại quyết định ở ẩn và không tham gia phá án chính vì vậy, nhiều người đã đồn rằng anh ta là một chàng thám tử điên rồ.