câu chuyện kể về những biến đổi trong một tương lai không xa, con người đã thiết kế nên những trò chơi đặc biệt bằng những lá bài được gọi là “Battle Spirit” khi người chơi bắt buộc phải chấp nhận đối mặt với nhau, tính phổ biến của trò chơi này lúc đầu khá ít nhưng dần nó đã phát triển mạnh mẽ và đã trở nên phổ biển hơn trong thế giới.
Ngôi làng của Shu bị tấn công bởi những tên địch, cậu ta và bạn mình, Jiro và Kluke quyết định bảo vệ quê nhà. Họ sớm gặp chiến binh Zola và nhận được năng lượng của Shadow, khả năng biến những bóng của họ thành những quái vật siêu phàm. Shu nhận được quái vật có sức mạnh ghê gớm nhất, Blue Dragon, và họ cùng nhau chiến đấu chống lại kẻ thù.
900 năm sau sự kiện “Ngày tận thế”, con người và vampire vẫn ở trên 2 chiến tuyến, mỗi bên hùng cứ một phương nhưng vẫn chưa đạt được một hiệp ước về hòa bình nào. Cùng lúc một thế lực thứ 3 đang ngấm ngầm trỗi dậy, hòng đẩy 2 phe kia phát động chiến tranh để nghiễm nhiên làm “ngư ông đắc lợi” rồi chiếm cứ Trái Đất. Trước tình trạng đó, Abel Nightroad, một linh mục thuộc Vatican-đầu não của loài người quyết định đứng lên, cùng các đồng đội ngăn chặn viễn cảnh đen tối đó. Điều thú vị là Abel
bối cảnh tại tương lai ở những năm 20xx, vào thời điểm này, Akihabara – nơi từng được xưng tụng là “thánh địa Otaku” đã lụi tàn bởi văn hóa Otaku dần bị bài xích. Người chơi sẽ nhập vai với vai trò quản lý những cửa hàng Otaku còn sót lại. Họ sẽ phải giúp phát triển các cô giá tài năng và cùng nhau chiến đấu với một “vi-rút” lây nhiễm vào thế giới các tác phẩm, đồng thời phục hồi lại “trí nhớ” của mọi người.
A few months have passed since the VF Circuit, and Aichi is now in High School. However Aichi is in a different high school than most of his friends, a high school where the instructors focus on looking towards the future.