Trở về từ Nhiêu Cương, Lý Tự Nguyên tự xưng giám quốc, mượn danh thiên tử truy giết Bất Lương Nhân ở khắp nơi, mà Lý Tinh Vân thân là thiên tử lại phải đối mặt với một lựa chọn mới
bộ phim nói về cuộc chiến của Autobot với Deception ở tương lai. Khi mà đội quân của Autobot dành chiến thắng ở The Great War Megatron và đồng bọn của hắn đánh cắp The Golden Disk thoát khỏi Cybertron trên con tàu Darktray để âm mưu thay đổi cục diện cuộc chiến. Đứng trước sự an nguy đó hậu duệ của Autobot là Optimus Primal đã lên đường truy tìm và 2 chiến cơ chiến đấu với nhau cùng mắc kẹt tại một hành tinh xa lạ và ở đó. Cuộc chiến của các Autobot bắt đầu.
Boba Fett hầu như không thoát khỏi sarlacc đã nuốt chửng anh ta và bị bỏ lại bởi Jawas, kẻ đã ăn cắp bộ giáp Mandalorian của anh ta cho đến chết. Anh ta bị bắt bởi Tusken Raiders và không thể trốn thoát khỏi trại của họ. Năm năm sau, Fett và Fennec Shand đã nắm quyền kiểm soát đế chế tội phạm của Jabba trên Tatooine.
Batman Beyond được đặt trong bối cảnh thời gian tương lai của vũ trụ hoạt hình DC (mặc dù được phát hành trước Static Shock, Justice League, và Justice League Unlimited), và được coi là phần tiếp theo của cả Batman: The Animated Series và The New Batman Adventures.