Vào năm 1939 ,Chủ nghĩa đế quốc Germania bát ngờ xâm lược các nước láng giềng . Sau đó chiến tranh làn dần và lan rộng ra châu âu.Thâm chí lúc này cả thế giới dường như bị lôi kéo vào vòng xoáy của 1 cuộc chiến tranh thế giới .Đến năm 1940 , Principality của Elystadt một quốc gia nhỏ ở dưới dãy núi Alps cũng bị tấn công, từ đó câu chuyện bắt đầu
Câu chuyện xoay quanh việc 5 Signer sở hữu 5 con rồng kết hợp lại với nhau và tạo ra Crimson Dragon. Sự khác biệt nhất với những bộ “Yu-Gi-Oh!” khác là đua xe và sử dụng bàn đấu để đấu bài, và 1 loại quái thú mới được gọi là Synchro Monsters giới thiệu tới trong bộ này.
Kazamatsuri, một thành phố nổi tiếng hiện đại với vô vàn cây xanh và các nền văn hóa phong phú của Nhật. Và cũng là quê hương của Kotarou Tennouji, một học sinh cao trung hay tò mò và thích đùa. Nhóm bạn ban đầu gồm 3 kẻ-lập-dị luôn chơi chung với nhau, cô bạn nối khổ không kém phần dễ thương Kotori, tên bạn chuyên hùng biện Haruhiko
Ryugamine Mikado là một thiếu niên mong mỏi cuộc sống thú vị chốn thành thị. Nhận lời mời của người bạn thời thơ ấu Masaomi, cậu chuyển trường đến Ikebukuro. Masaomi cảnh báo cậu về nhửng người mà cậu không nên chạm mặt ở thành phố: một kẻ hung hãn ăn mặc như phục vụ quầy, 1 tên cò mồi tin tức, một băng nhóm bí ẩn tự xưng là Dollar.
Một nhóm học sinh vừa mới trúng tuyển vào Học Viện Quân Sự Trung Ương thì ngay sau đó, một nhóm khủng bố có vũ trang mang tên Hallarax đánh chiếm Aries - Trạm không gian mà họ chuyển tới. Liệu họ sẽ làm gì? Đầu hàng hay chống lại? Sống sót hay là tử vong?