Vào những năm đầu thời Chính Hóa (một thời đại giả tưởng), để ngăn chặn những "thông tin độc hại có thể gây ảnh hưởng xấu tới xã hội", Đạo Luật Cải Thiện Văn Hóa Phẩm đã được chính phủ Nhật thông qua, cho phép Hội Đồng Cải Thiện thả sức tiêu hủy các ấn phẩm mang nội dung gây bất lợi cho họ. Để bảo vệ quyền tự do của mình, các thư viện đã tự vũ trang, thành lập Lực Lượng Thư Viện. Mâu thuẫn giữa hai bên càng lúc càng leo thang.
Ở thành phố thịnh vượng Russell, một lời tiên tri đe dọa sẽ làm khuấy động thế giới bắt đầu được nổi dậy. Một người đàn ông tên Sword là người đầu tiên nghe được kế hoạch náo động này và anh đã tự dấn thân mình vào cuộc chiến trong bóng tối với mục đích vạch mặt kế hoạch đó.
Đã từ rất lâu, quốc gia này bị vây quanh bởi Đế Quốc Giadian, nơi chế tạo những drone được gọi là Legion. Sau nhiều năm nghiên cứu, Cộng Hòa đã chế tạo thành công những drone tự động, biến trận chiến 1 chiều thành cuộc chiến không thương vong—hoặc ít nhất thì đó là những gì chính quyền tự nhận.
SAkura đến thủ đô với khát vọng bảo vệ thủ đô khỏi thế lực ma quỷ của Hội đồng chánh điện hắc ám giống như cha cô. Tuy nhiên mọi thứ không như là mơ, cô phải sử dụng sức mạnh tinh thần của mình để điều khiển Kubo và phải diễn kịch trong nhà hát quốc gia. Là một người hậu đậu và phá hoại, làm cô ấy trong mắt mọi người trở nên tồi tệ. Cô ấy phải học cách làm việc nhóm chung với họ để ngăn cản kẻ thù phá hủy những ngôi đền để bảo vệ thành phố.
câu chuyện tiếp theo của hai phần trước vô cùng thành công.Phần 3 này sẽ đưa đến thêm những nhân vật hoàn toàn mới với câu chuyện vẫn xoay quanh Makoto Naegi và bạn bè của mình.Kyoko Kirigiri, Yasuhiro Hagakure và Aoi Asahina và những người bạn mới sẽ phải trải qua những khó khăn và thử thách nào trong phần 3 đầy gay cấn này?