Vào 1863 khi kỷ nguyên samurai rối ren sắp chấm dứt, Nhật Bản bị chia rẽ giữa các phe phái ủng hộ và thống trị phiến quân. Số phận của thế giới bị đe dọa như là một đội quân của các nhà cải cách lịch sử được gửi từ tương lai để thay đổi quá trình lịch sử
Sau khi kết thúc giải đấu mùa thu, đội bóng chày của trường trung học Seidou chiến đấu với những gương mặt mới và cũ khi họ bắt đầu giải đấu tại Koshien.
Bối cảnh của “Judge End” sẽ diễn ra tại trận chiến Sekigahara, tương tự như cốt truyện phần 3 của game. Trong lịch sử Nhật Bản, thì trận chiến Sekigahara xảy ra vào năm 1600, và được coi là trận chiến quan trọng nhất và đẫm máu nhất thời kỳ Chiến Quốc giữa liên minh phương Tây và liên minh phương Đông, quyết định ai sẽ là người thống nhất Nhật Bản.
Năm 60 trong thế kỷ tương lai, hầu hết loài người đã bỏ lại trái đất bị ô nhiễm và tiến vào không gian để sinh sống. Để ngăn chặn chiến tranh, các colony đã thống nhất đồng ý tổ chức Đấu Trường Gundam để bầu ra colony đại diện cầm quyền những colony còn lại trong bốn năm tại một thời điểm.
Quyết tâm chiến thắng giải J cadet (giải đua mở rộng dành cho các tay đua thiếu niên Nhật Bản), Capeta ráo riết đuổi theo Isamu và Takeshi, hai tay đua của Autohouse. Cuối cùng, cậu đã vượt qua hai tay đua trên và giành chiến thắng tại vòng đua cuối.